FORUMModifier une table présence/absence
Genevieve asked 4 months ago



  • j’ai une table excel que j’aimerais modifier pour faciliter son analyse. En fait ce que je voudrais c’est trouvé un moyen automatisé d’identifier chaque OTU (première colonne horizontale) au nom de l’espèce (les noms en verticale) au quelle il correspond (là où il y a le chiffre 1). En fait je veux remplacer une table présence/absence par une liste de ligne avec une colonne positive. Il y a t-il un moyen de le faire dans R ou directement dans excel ? C’est un peu difficile à expliquer, mais je n’arrive pas à joindre une image.     

    Eloi Mercier Staff replied 4 months ago

    Bonjour Genevieve,

    pouvez vous copier quelques lignes du fichier ici? Ou bien m’envoyer l’image ou le fichier à “eloi [dot] mercier [at] mcgill [dot] ca”.

    Merci,
    Eloi

    Genevieve replied 4 months ago

    Merci je viens de trouver
    Avec cette ligne dans R sa fonctionné
    library(reshape2)
    OTU_m= melt(OTU)
    OTU_m= OTU_m[!OTU_m$value==0,]

    Eloi Mercier Staff replied 4 months ago

    Je suis heureux que vous ayez pu résoudre votre problème. 🙂

    1 Answers
    Best Answer
    Eloi Mercier Staff answered 4 months ago



  • Genevieve was asking how to link the OTU to the species. More specifically, she wanted to replace the presence/absence table with the list of columns corresponding to the species.
    She managed to do it in R using the reshape2 library and the following code:

    library(reshape2)
    OTU_m= melt(OTU) 
    OTU_m= OTU_m[!OTU_m$value==0,]