FORUMAnalysis of Expression Results / Analyse des résultats d’expression
Eloi Mercier demandée il y a 4 ans



Bonjour,
lors de l’analyse des résultats de RNAseq avec edgeR, doit-on utiliser la colonne log FC pour les comparaisons d’expression, ou la colonne log CPM?
Merci.

jflucier personnel répondue il y a 4 ans

English translation of question: Using edgeR, to compare expression difference, should we use log FC column or log CPM? tks

1 Réponses
flefebvre personnel répondue il y a 4 ans



La colonne logCPM donne le log counts-per-million reads moyen de tout les échantillons peu importe le groupe. Il faut surtout regarder logFC, PValue et FDR. Voir ?topTags pour plus de détails.